Die Gemeinde Pfatter liegt im südöstlichen Landkreis Regensburg, direkt an der Bundesstraße 8 zwischen Regensburg und Straubing. Sie teilt sich in 12 Gemeindeteile auf, die wiederum den vier Gemarkungen Pfatter, Geisling, Gmünd und Griesau zugeordnet sind. 26 Bau- und 54 Bodendenkmäler gibt es insgesamt im Gemeindegebiet.